در نمودار سازمانی وزارت نیرو گذشته از مقام وزارت٬ ۵ معاونت (معاونت برنامه ریزی و امور اقتصادی٬ معاونت تحقیقات و منابع انسانی٬ معاونت آب و آبفا٬ معاونت برق و انرژی٬ معاونت پشتیبانی٬ حقوقی و امور مجلس) ٬ ۲۱ دفتر٬ ۳ اداره کل و یک هیات مرکزی گزینش دیده شده است.
اما آنچه از نظر موسسات آموزشی و پژوهشی (دانشگاه صنعت آب و برق٬ پژوهشگاه نیرو٬ موسسه آموزش عالی علمی - کاربردی صنعت آب و برق٬ موسسه تحقیقات آب) وزارت نیرو حائز اهمیت فراوان است ارتباط غیر متصل آنها به همراه ۴ شرکت مادر تخصصی (توانیر٬ مدیریت منابع آب ایران٬ ساتکاب٬ آب و فاضلاب کشور) است که اهمیت امر آموزش از دیدگاه مسئولین وزارت نیرو را نشان می دهد.